תרגילי הפילאטיס יכולים להתבצע הן על גבי מזרן והן על גבי מכשירים הייחודיים לשיטה. פילאטיס מזרן מושתת על 34 תרגילים הנקראים "רפרטואר" אשר הומצאו ע"י פילאטיס.

בתרגילי המזרן, משקל הגוף מהווה את ההתנגדות העיקרית לביצוע התרגילים בעוד מכשירי הפילאטיס הייעודיים משתמשים בעיקר בקפיצים ומבנים ייחודיים לצורך יצירת התנגדות ו/או תמיכה.

 לצורך לימוד והתאמת תרגילי הרפרטואר למתאמנים ברמות שונות, נוצר סט נוסף של תרגילים הידועים בשמם Fundamentals (יסודות).

 בימינו מקובל לבצע שילוב של תרגילי הרפרטואר עם תרגילי היסודות בשלוש רמות קושי: מתחילים (יכללו בעיקר תרגילי יסודות), בינוניים (שילוב יסודות ותרגילי רפרטואר) ומתקדמים ( 34 תרגילי הרפרטואר המתבצעים ברצף על פי הסדר המקורי בשיטה הקלאסית).